L’attività clinica del Dott. Bottiglieri riguarda la surgical pathology, con un particolare focus verso la diagnosi delle malattie dell’apparato digerente tramite l'analisi dei tessuti ottenuti da procedure endoscopiche e interventi chirurgici. All’interno della Divisione di Anatomia Patologica svolge il ruolo di rilievo come referente per la per la diagnosi delle patologie legate all'esofago, allo stomaco, al colon, al retto e al pancreas.