Il 31 maggio 1994 IEO apre le porte ai pazienti. L’Istituto nasce da un'idea del Professor Umberto Veronesi e del Dottor Enrico Cuccia per creare un modello innovativo di ospedale, che applichi i principi della gestione privata alla sanità pubblica, mettendo al centro il paziente come persona.
Due anni dopo IEO viene riconosciuto dal Ministero della Salute come Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico (IRCCS) e viene accreditato con il Servizio Sanitario Nazionale: IEO inizia ad erogare le sue prestazioni in convenzione con il SSN e diventa un attore importante della sanità pubblica. Viene in seguito stipulata la convenzione con l'Università degli Studi di Milano grazie alla quale l’Istituto diventa sede di corsi di specializzazione universitari.
Si aprono i Laboratori di Oncologia Sperimentale e si arriva in pochi mesi alla prima scoperta: una sostanza esistente in natura, l’acido retinoico, è in grado di bloccare i meccanismi d’azione della cellula leucemica. La molecola naturale viene sintetizzata e nasce così il primo farmaco molecolare. La ricerca appare su “Nature”.
La Divisione di Senologia in collaborazione con la Divisione di Medicina Nucleare mette a punto la R.O.L.L. (Radioguided Occult Lesion Localisation), una nuova tecnica chirurgica radioguidata che permette di asportare tumori microscopici non palpabili della mammella, ottenendo minore invasività a parità di risultato oncologico.
Nel 1998 su LANCET appare l’articolo che decreta l’ingresso nella pratica clinica di una nuova tecnica per la cura del tumore del seno messa a punto allo IEO: il “linfonodo sentinella”. Si tratta di una tappa fondamentale della chirurgia conservativa del seno, che diventerà un nuovo standard di cura permettendo a milioni di donne nel mondo di conservare l’ascella e la sua funzionalità.
IEO avvia il primo studio clinico in Italia per la diagnosi precoce del tumore polmonare con tac a basse dosi per i forti fumatori. Lo studio IEO successivo su 10.000 soggetti confermerà che si tratta di un esame salvavita, come dimostreranno definitivamente ulteriori studi americani ancora più ampi.
Nel 2000 viene acquisito il Centro Cardiologico Fondazione Monzino di Milano, l'unico IRCCS cardiologico in Italia e sede universitaria. Si apre un periodo di collaborazione tra le rispettive aree di ricerca dei due Istituti, che insieme affrontano le maggiori cause di mortalità nell’uomo.
Lo stesso anno dalla collaborazione fra Radioterapia e Senologia nasce in IEO la tecnica della IORT (Radioterapia IntraOperatoria) che permette la cura radioterapica per il tumore del seno durante l’intervento chirurgico, riducendo al minimo i cicli di radioterapia esterna.
Lo IEO inaugura IEO Centro, nuova sede nel centro di Milano e primo Centro di diagnostica oncologica integrata per la donna. Un modello organizzativo unico in Italia per effettuare tutti i test più avanzati per la prevenzione e la diagnosi precoce dei tumori femminili. Oggi il modello è esteso anche alla diagnosi e prevenzione di altri tumori.
Lo IEO riceve il primo accreditamento Joint Commission International (JCI) la prestigiosa agenzia americana che dal 1953 accredita gli ospedali nordamericani in base ai più elevati standard di qualità esistenti in sanità. IEO è il primo centro oncologico non statunitense ad ottenere il prestigioso accreditamento.
Nel 2004 l’Istituto promuove, in occasione dei suoi primi dieci anni di attività, l’iniziativa Crocevia della lotta al cancro: 40 incontri internazionali di natura diversa per creare un punto di incontro fra ricerca, cura, prevenzione, informazione, educazione alla salute, formazione del personale medico, organizzazione dell’assistenza. L’obiettivo è capire e comunicare come si delinea la lotta al cancro del futuro.